- 技發科
年度業務計畫綜整及管考、水利系統模擬與分析軟體運用及推廣事項。
- 水源科
水資源水量及水質調查評估、多元化水資源調查規劃事項。
- 河海科
河川綜合治理調查規劃、海岸變遷調查及防護規劃事項。
- 排水科
中央管區域排水、地方重大區域排水綜合治理調查規劃事項。
- 試驗科
水工構造物物理模型試驗及數學模型模擬事項。
- 秘書室
文書、檔案、事務、出納、財產、管理、研考及不屬於其他各課室事項。
- 主計室
年度預算籌編、分配及控制、會計事務處理採購、處分財產之監辦工作。
- 人事室
組織編制、任免、遷調、考績、獎懲、訓練、進修研習、差勤等人事管理工作。
- 政風室
員工貪瀆不法之預防、發掘及處理、政風法令宣導、公務機密維護等政風事項。