- 灌溉排水規劃課
灌溉排水、灌溉試驗與區域排水工程測量調查規劃及研究事項。
- 河川規劃課
河川綜合治理計畫之測量、調查、規劃、研究與海岸變遷及海岸水文氣象調查事項。
- 水資源規劃課
水資源調查、系統分析與水資源開發計畫之調查、規劃及研究事項。
- 水工試驗課
水工與數學模型試驗及研究事項。
- 大地工程試驗課
地質鑽探、調查、岩石土壤力學、工程材料試驗及地下水研究事項。
- 地下水文研究中心
地下水伏流水開發保育規劃、地下水文科技、觀測井網、地層下陷防治與環境生態研究。
- 秘書室
文書、檔案、事務、出納、財產、管理、研考及不屬於其他各課室事項。
- 主計室
年度預算籌編、分配及控制、會計事務處理採購、處分財產之監辦工作。
- 人事室
組織編制、任免、遷調、考績、獎懲、訓練、進修研習、差勤等人事管理工作。
- 政風室
員工貪瀆不法之預防、發掘及處理、政風法令宣導、公務機密維護等政風事項。