水資源規劃一般從區域水資源供需角度著手，釐清是否需進行水資源開發工作。而後就計畫供水量、水質及區域特性，進一步評估採用何種水資源開發方式，規劃階段分為初步規劃、可行性規劃、環評程序、提報計畫程序；計畫執行階段分為基本設計及發包施工，程序說明如圖1:
圖1 水資源計畫程序說明
- 初步規劃階段：尋找優選開發區位及確認水資源開發方案，進行水源運用模擬演算初步估算增供水量或備援水量，結合土地利用、環境生態及工程經費等面向，初步評價水資源開發方案。
- 可行性規劃階段：針對初步規劃階段調查工作不足部分作更精細調查，並就計畫區特性及相關影響，進行相應規劃工作。並就社會、法規、環境、經濟及技術面等各層面進行綜合評估，俾供研定該計畫是否具備開發及經濟可行性。
- 法規審查：檢核計畫是否符合環境境影響評估法、地質法、濕地法等審查要件，若符合則需提出環境影響說明書或第二階段評估書、地質安全評估報告書、濕地影響說明書等評估報告送權責機關審查，經審查通過方得賡續辦理提報工程計畫程序。
- 提報工程計畫：確認法規層面程序完備後，依據可行性規劃成果及相關評估撰寫工程計畫書，依序提報經濟部(水資源審議委員會)及行政院（國家發展委員會）辦理工程計畫書審查作業，經核定後規劃工作至此結束，水資源計畫規劃流程如圖2。
圖2 水資源計畫規劃流程圖