由規劃單位(水利署各附屬機關)辦理河川治理規劃報告，其水文分析報告須先經水利署水文技術組審核同意，再行辦理後續規劃報告，待完成「治理規劃報告(初稿)」後，召開地方說明會並經期末審查通過後，函報水利署召開審查會議，審查會議中將邀請「經濟部水利署河川及排水治理計畫審議小組」(以下簡稱審議小組)專家學者委員及相關單位協助審查。
規劃單位依水利署審查小組審查意見修正規劃報告並報署備查後，據以編訂「治理基本計畫(初稿)」及繪製「水道治理計畫線及用地範圍線圖(初稿)」後，函報水利署召開會議審查。陳報時應附治理基本計畫自行檢核表及「水道治理計畫線及用地範圍線圖劃定說明」，水利署召開審查會議時得邀請審議小組專家學者協助審查。
規劃單位再依水利署審查意見修正「治理基本計畫」及「水道治理計畫線及用地範圍線圖」後，送轄管河川分署據以召開地方說明會，規劃單位協助為必要說明。
規劃單位於地方說明會後參酌地方民眾意見為必要之說明或修正治理計畫，將「治理計畫」(含歷次審查會議紀錄及意見處理情形表)及「水道治理計畫線及用地範圍線圖」函報水利署提請審議小組會議，審議時得邀請規劃單位及河川分署列席說明。
各規劃單位應於審議小組審議治理計畫通過後，依審議小組審議意見修正「治理計畫」及「水道治理計畫線及用地範圍線圖」後，陳報水利署代辦部函核定之，並公告「治理計畫線及用地範圍線圖」，而後轄管河川分署據以執行後續河川治理。
圖1 中央管河川治理規劃及治理計畫流程圖